医科院与协和医学院实行院校合一的管理体制，设有18个研究所、５所分院、7所临床医院、5所学院。 医学实验动物研究所是医科院协和医学院的支撑性研究所，成立于1980年，以实验动物研究、教学、生产和比较医学技术服务为主要任务，设有比较医学基础研究、人类疾病动物模型、病原实验研究、资源研究开发四个中心，初步形成了以基因工程动物模型研究、病理分析、影象分析、行为分析、传染性疾病实验研究、比较医学技术交流和职业技术培训为基础的全国范围内的技术和资源共享体系。
研究所建立了完善的实验动物遗传、微生物、寄生虫、病理和营养环境质量检测诊断体系，是国家实验动物质量检测中心、卫生部实验动物检测中心、首批获得国家发改委批准的国家高级别生物安全实验室，均通过了中国合格评定国家认可委员会的认可和计量认证，GLP中心通过了国家食品药品监督管理局的认证，实验动物的管理和使用获得国际AAALAC认可，成为我国药物研究和医学研究的重要支撑力量之一。 在科研人员的不懈努力下，研究所通过加强模式动物品系的创制、保存，胚胎干细胞工程、质量保证体系、实验动物资源共享体系，已经逐步成为以人类重大疾病为研究目标，全面开放的国内一流、具有国际竞争力的科研机构，为我国生命科学研究提供强有力的支撑。
中国实验动物学会、全国实验动物标准化技术委员会挂靠在研究所，由研究所承办的《中国实验动物学报》和《中国比较医学杂志》是中国科技论文统计源期刊，是本行业最高水平期刊，是中国实验动物科学和比较医学的主要交流园地。